负面丑闻缠身，股价暴跌 今年以来，华大基因陷入了一系列负面丑闻。 6月26日，一篇名为《举报华大基因伪高科技忽悠欺诈涉嫌贿赂官员，大规模套骗国有资产》实名举报文章见诸网络，华大曾经的合作伙伴王德明以自己的生命为砝码，向江苏省政府举报华大基因在众多城市骗取国家土地资源，搞房地产开发等行为。 陷入风波的华大基因对“圈地门”立即作出回应，称华大从未在江苏参与任何房地产项目，也未曾获得土地资源，不存在套骗国有资产的行为。 尽管华大承诺不做商业房地产，但挂有“华大基因”名头的产业园、健康小镇却在全国遍地开花。
8月4日，汪建的好友、地产大佬王石在社交媒体上宣布将担任华大的联席董事长，更加证实了华大“地产化”的传言。 在“圈地门”发生后不久，虎嗅的一篇《华大癌变》将华大基因推向了更大范围的风口浪尖。文中指出，华大基因兹于商业利益因素，并且过度营销而引导患者放弃全面检查，致使孕妇产出生理缺陷儿童，最终给一些家庭带来悲剧性结果，让这些家长未来数十年乃至一生，都将生活在深渊中。
引起风波的是占华大基因营收比重超过一半的生育健康类业务，在2017年为华大带来了约11.36亿元人民币的收入。同样，生育健康产品也是华大所有产品中毛利率最高的，约为68%。
虎嗅的文章中指出，作为在国内入局最早，市场占有率最高，技术储备最完善的无创DNA检测方，华大基因与当前无创检测行业乱象有着密不可分的关联，“这家销售费用远超研究费用、销售人员数量远超研究人员数量的‘高科技公司’，事实上的确在实践“忽悠社会，盯着别人钱包”。” 在一系列负面丑闻的打击下，华大基因的股价开启暴跌模式，从最高峰的260.元一路震荡下行，跌至不足50元/股。华大的市值也从最高峰的一千亿人民币，跌到如今的不到200亿，跌去逾八成。 “爱国主义”神话的破灭 在华大基因发展的早期，绑架国家、把自己的商业活动冠以“民族利益”、“为国争光”，一直是汪建等人的惯用做法。 2000年11月，方舟子访问华大的时候，汪建向方舟子出示了一份两页半的“中国人基因多态性计划”申请书草稿——要求政府拨款8亿元，充满“为了中华民族千秋大业，再次请缨”之类的豪言壮语，甚至说要“预防外国敌对势力制造针对中国人种的基因武器”，被方舟子斥为无稽之谈。 对于华大完成了人类基因组测序1%的工作，是“为国争光”的说法，饶毅也予以了驳斥。他说：“DNA测序方法是外国发明的、仪器是美国生产、试剂是美国的，具体课题无需很多ideas，用中国的大量的钱（包括初期用地方政府的钱）、用中国廉价劳力，大量测序，是否算好的科学，生物学界很多人自有看法。” 饶毅推测，正是因为难以用科学理由解释为什么要用中国的大量经费和人力做需要重复购买昂贵的、不断更新的外国仪器和试剂，才大打民族主义牌，以获取对生物学科研不是很了解的国家和地方政府的支持。 在借助国家和地方政府的资源逐步发展壮大之后，华大逐渐去除了民族主义话语，转而树立为全人类造福的高科技形象。但是讽刺的是，这种民族主义情绪反过来站到了华大的对立面。 在华大被科技部处罚的消息流传出来后，自媒体“记者金微”在10月26日发表文章《华大基因被罚！14万孕妇基因组已流到国外，细思极恐！》，并被崔永元的官方小号“小崔读书汇”转发。 该文称华大基因采集了14万名中国孕妇信息后，交给外国人去搞研究，“有了这些基因信息，就有了针对中国人种的特定生物武器的基础！”。 26日晚，华大基因随后发出了澄清声明，称该自媒体将2015年的“科技部国科罚”与华大研究团队在2018年10月发布的一项“14万中国人基因大数据”研究联系在一起，系张冠李戴，刻意关联，制造恐慌。 在华大基因的声明发表之后，深交所要求华大方面说明科技部的行政处罚对公司生产经营的影响，以及“14万中国人基因大数据”项目是否与外方机构或个人存在合作，是否存在着向外方机构或个人泄露的风险。 以“预防外国敌对势力制造针对中国人种的基因武器”为噱头起家的华大基因，现在却反过来被指责为制造“针对中国人种的特定生物武器”提供基础，真是一出现实主义的荒诞剧。
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